El Tren Maya utilizará diesel para su funcionamiento, lo que provocará un serio problema porque la industria petrolera no produce, ni generará a partir de que tome vías férreas en 2023 el suficiente combustible de este tipo y menos de Ultra Bajo Contenido de Azufre (UBA) para reducir contaminación. De acuerdo con información de la Secretaría de Energía (Sener), ni aun echando a andar la nueva refinería de Dos Bocas, Tabasco, México dispondrá de suficiente diesel para abastecer las necesidades de uno de los proyectos insignia de esta administración, lo que implica que el tren podría operar con combustible importado.