En su segundo y último informe, el Grupo Interdisciplinario de Expertos Independientes (GIEI) puso en entredicho la investigación de la Procuraduría General de la República (PGR) y, con un video que se refiere a peritajes practicados en el río San Juan, en Cocula, insinuó que se habrían manipulado evidencias para sustentar la versión oficial sobre la desaparición de los 43 normalistas de Ayotzinapa, la cual, según el grupo, la mayor parte se basa en declaraciones obtenidas bajo tortura. Los expertos de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) manifestaron su molestia porque la PGR tampoco indagó plenamente la línea del quinto autobús, del cual, dijeron, el Ministerio Público federal realizó peritajes a un camión que no corresponde al que abordaron los normalistas la noche del 26 de septiembre de 2014.